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气相色谱仪检测器清洗时可分三种情况：
种是玷污物质于高沸点成分，通常可将气相色谱仪检测器加热到高使用温度后，再通入载气，即可清除。
*二种情况是气相色谱仪检测器仅存在程度较轻的玷污，此时可用蒸汽清洗的方法。过程是在进样口注入几十微升蒸馏水或等溶剂，待1~2小时后，检查气相色谱仪基线是否平稳即可。
*三种情况是在上述两种简单方法不能解决问题时所采用的彻底清洗方法，此方法要求拆装气相色谱仪检测器，同时还要选择适宜的溶剂，即所选择的溶剂，既要能溶解玷污物，又不对气相色谱仪检测器造成新的污染和损坏。此时清洗过后的部件不要直接用手摸。
液相色谱仪流动相溶剂使用的应注意下事项：
在更换两种互不相溶的流动相时，中间要用异丙醇溶液清洗过渡。例如：先用甲醇水做流动相，然后在用正己烷做流动相时，一定要先用异丙醇溶液冲洗甲醇水，然后用正己烷冲洗异丙醇，反之也是一样。在更换流动相时还要考虑色谱柱是否更换。
仪器在短期（两三天）不用时，流路中可以是甲醇或水。仪器在长期不用时，流路中应用甲醇。
.对于UV等检测器用于高灵敏度检测时，要使用UV吸收性小的HPLC的溶剂作为流动相溶剂，如甲醇、乙腈等。

色谱柱使用误区
注意不是所有色谱柱都能反冲
一般来说色谱柱不能反冲，只有色谱柱使用说明书上标明该柱可反冲才可以反冲除去留在柱头上的杂质。否则，反冲色谱柱的影响是迅速降低柱效。
避免流动相使用不当而破坏固定相
选择使用适宜的流动相(尤其是pH)，以避免固定相被破坏。有时可以在进样器前面连接一段预柱，分析柱是键合硅胶时，预柱为硅胶，可使流动相在进入分析柱之前预先被硅胶"饱和"，避免分析柱中的硅胶基质被溶解。

色谱柱使用误区
禁止样品未经处理直接进入色谱柱
避免将基质复杂的样品尤其是生物样品直接注入柱内，需要对样品进行预处理或者在进样器和色谱柱之间连接一保护柱。保护柱一般是填有相似固定相的短柱。保护柱可以而且应该经常更换。
禁止将缓冲溶液长时间存放在色谱柱内
保存色谱柱时应将柱内充满乙腈或甲醇，柱接头要拧紧，防止溶剂挥发干燥。禁止将缓冲溶液留在柱内静置过夜或更长时间。

液相色谱仪流动相溶剂使用的应注意下事项：
当流动相溶剂为乙腈时，流速为1ml/min泵的正常压力5～7Mpa之间，如果压力逐渐降低，基线也出现异常。这是由于乙氰的粘性大，导致泵的流速降低。可适当提高流速使泵的压力恢复正常即可。
流动相含有、、二、二氯甲烷、氯仿、、四氯呋南、二甲化砜等溶剂，会对流路中的PEEK树脂管路强度变成差、PEEK树脂管容易破裂使溶剂外溅。流动相含有卤素离子的溶剂，如KCI、NaCI、NH4CI等。对流路中的不锈钢材料有腐蚀作用，以上的溶剂须尽量避免使用。非用不可时，分析完了后，应立刻用蒸馏水把全流路清洗干净。
用于检定梯度等性能时，短时间使用在0.5%以下的低浓度水溶液是没有问题的。
注意：稀硝酸与甲醇不能混合，否则有可能会引起爆炸。
如果样品的检测效果不理想，可以从三个方面来考虑改变气相色谱仪检测条件：
调节气相色谱仪程序升温，如改变初始温度，调节升温流速都可以改变分离效果；
调节气相色谱仪流速，速率调小，分离度增加；
在改变以上两个条件仍然不能改变分离度的情况下，就要更换气相色谱仪色谱柱了，选用合适的色谱柱。
无论怎么优化，目的就是为了能更好的分离。
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