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液相色谱仪流动相溶剂选择应符合以下几点：
所选用的流动相溶剂要有一定的化学稳定性，不与固定相和样品组分起反应，其纯度和化学特性必须满足色谱过程的稳定性和重复性的要求。
溶剂应当不干扰检测器的工作，溶剂应与检测器匹配，选择不影响检测器正常工作应选择在测定波长范围内无吸收的流动相。
在制备分离中, 溶剂应当易于除去, 不干扰对分离组分的回收。
溶剂的粘度要小，保证合适的柱压降。
从实用角度考虑，溶剂应当价格低廉，容易购得，使用安全，纯度要高。
液相色谱仪流动相溶剂使用的应注意下事项：
当流动相溶剂为乙腈时，流速为1ml/min泵的正常压力5～7Mpa之间，如果压力逐渐降低，基线也出现异常。这是由于乙氰的粘性大，导致泵的流速降低。可适当提高流速使泵的压力恢复正常即可。
流动相含有、、二、二氯甲烷、氯仿、、四氯呋南、二甲化砜等溶剂，会对流路中的PEEK树脂管路强度变成差、PEEK树脂管容易破裂使溶剂外溅。流动相含有卤素离子的溶剂，如KCI、NaCI、NH4CI等。对流路中的不锈钢材料有腐蚀作用，以上的溶剂须尽量避免使用。非用不可时，分析完了后，应立刻用蒸馏水把全流路清洗干净。
用于检定梯度等性能时，短时间使用在0.5%以下的低浓度水溶液是没有问题的。
注意：稀硝酸与甲醇不能混合，否则有可能会引起爆炸。

液相色谱仪基线漂移解决方法
控制好柱子和流动相的温度，在检测器之前使用热交换器;
使用HPLC级的溶剂，高纯度的盐和添加剂。流动相在使用前进行脱气，使用中使用在线脱气或氦气脱气。
用甲醇或其他强极性溶剂冲洗流通池，如有需要，可以用1n的硝酸。(不要用盐酸)
取出阻塞物或更换管子。参考检测器手册更换流通池窗。
更改配比或流速。为避免这个问题可定期检查流动相组成及流速。
用中等强度的溶剂进行冲洗，更改流动相时，在分析前用10～20倍体积的新流动相对柱子进行冲洗。使用离子对试剂、缓冲盐更应注意平衡柱。
检查流动相的组成。使用高品质的化学试剂及HPLC级的溶剂
改变分析条件。使用保护柱，如有必要，在进样之间或在分析过程中，定期用强溶剂冲洗柱子。
重新设定基线。使用新的流动相。
将波长调整至大吸收波长处。重选检测波长。

液相色谱仪基线漂移产生的原因
柱温波动。(即使是很小的温度变化都会引起基线的波动。通常影响示差检测器、电导检测器、较低灵敏度的紫外检测器或其它光电类检测器。)
流动相不均匀。(流动相条件变化引起的基线漂移大于温度导致的漂移。)
流通池被污染或有气体;
检测器出口阻塞。(高压造成流通池窗口破裂，产生噪音基线);
流动相配比不当或流速变化;
柱平衡慢，特别是流动相发生变化时;
流动相污染、变质或由低品质溶剂配成;
样品中有强保留的物质(高k’值)以馒头峰样被洗脱出，从而表现出一个逐步升高的基线。
使用循环溶剂，不提倡。未调整检测器。
检测器没有设定在大吸收波长处。

液相色谱仪流动相溶剂使用的应注意下事项：
若需要使用含盐的流动相，使用前请务*滤。并且使用该含盐流动相前，色谱柱需先用低比例**相（**相含量应不低于10%）的溶液冲洗，以免缓冲盐析出。流动相若为蒸馏水或含盐的缓冲液，建议现用现配，以免流动相因滋生微生物而造成柱填料的污染。
进行梯度实验时要注意梯度变化过程中流动相的互溶性，避免因流动相不互溶而导致的缓冲盐析出问题。反相系统更换正相系统或正相系统更换反相系统时，用异丙醇置换系统内的储存流动相后在接柱子。
气相色谱仪为何要求高纯度的载气？
不纯净的气体作载气，可导致气相色谱仪柱失效，样品变化，氢焰色谱可导致基流噪音，热导色谱可导致鉴定器线性变劣等，所以气相色谱仪载气必须经过净化。例如载气中如果含有杂质，可能会污染系统，或在系统中沉积，影响仪器寿命，同时气相色谱仪还可能产生鬼峰等。
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