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气相色谱仪检测器清洗时可分三种情况：
种是玷污物质于高沸点成分，通常可将气相色谱仪检测器加热到高使用温度后，再通入载气，即可清除。
*二种情况是气相色谱仪检测器仅存在程度较轻的玷污，此时可用蒸汽清洗的方法。过程是在进样口注入几十微升蒸馏水或等溶剂，待1~2小时后，检查气相色谱仪基线是否平稳即可。
*三种情况是在上述两种简单方法不能解决问题时所采用的彻底清洗方法，此方法要求拆装气相色谱仪检测器，同时还要选择适宜的溶剂，即所选择的溶剂，既要能溶解玷污物，又不对气相色谱仪检测器造成新的污染和损坏。此时清洗过后的部件不要直接用手摸。
色谱柱使用误区
注意不是所有色谱柱都能反冲
一般来说色谱柱不能反冲，只有色谱柱使用说明书上标明该柱可反冲才可以反冲除去留在柱头上的杂质。否则，反冲色谱柱的影响是迅速降低柱效。
避免流动相使用不当而破坏固定相
选择使用适宜的流动相(尤其是pH)，以避免固定相被破坏。有时可以在进样器前面连接一段预柱，分析柱是键合硅胶时，预柱为硅胶，可使流动相在进入分析柱之前预先被硅胶"饱和"，避免分析柱中的硅胶基质被溶解。

液相色谱仪流动相溶剂使用的应注意下事项：
做HPLC流动相的试剂应用HPLC级的、水应用二次蒸馏水，水相流动相需经常更换，防止长菌变质。使用去离子水、针剂水、纯净水（炊用）并不合适、尤其是做梯度洗脱时，水中的不纯物会成为鬼峰，从而干扰分析结果。
流动相的pH值过高或过低，流动相使用纯水，使用高浓度磷酸盐缓冲溶液，使用离子对试剂等，均可能造成色谱柱填料被化学破坏，这种对色谱柱固定相及键合相的破坏通常是不可修复的
用缓冲盐做流动相时，在使用前和使用后都要用水清洗流路，禁止将缓冲溶液留在流路中静置过夜或更长时间。

色谱柱使用误区
禁止色谱柱未经处理直接封存
色谱柱使用完成之后须使用相宜溶剂进行清洁处理，例如ODS柱宜用甲醇冲洗至基线平衡；当采用盐缓冲溶液作流动相时，使用完后应用无盐流动相冲洗；含卤族 元素(氟、氯、溴)的化合物可能会腐蚀不锈钢管道，不宜长期与之接触；装在液相色谱仪上的色谱柱如不经常使用，应每隔4-5天开机冲洗15分钟。

液相色谱仪流动相溶剂使用的应注意下事项：
在更换两种互不相溶的流动相时，中间要用异丙醇溶液清洗过渡。例如：先用甲醇水做流动相，然后在用正己烷做流动相时，一定要先用异丙醇溶液冲洗甲醇水，然后用正己烷冲洗异丙醇，反之也是一样。在更换流动相时还要考虑色谱柱是否更换。
仪器在短期（两三天）不用时，流路中可以是甲醇或水。仪器在长期不用时，流路中应用甲醇。
.对于UV等检测器用于高灵敏度检测时，要使用UV吸收性小的HPLC的溶剂作为流动相溶剂，如甲醇、乙腈等。
气相色谱仪气流比例的选择
在使用气相色谱仪FID氢火焰离子检测器对样品进行分析时，需要N2-H2-Air火焰被点燃后转化为富氧焰，即空气应该过量以保证氢气燃烧，三种气体的比例为Air：H2=（6～8）：1，N2：H2=1：（0.85～1）或空气量应该大。在此条件下的气相色谱仪检测器稳定性和灵敏度高，能够气相色谱仪作出的定量校正因子可靠。
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